Lahirnya Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI) tidak lepas dari program konversi Sekolah Tinggi Agama Islam (STAIN) Samarinda menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Samarinda. Berdasarkan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 140 Tahun 2014 Tentang Perubahan STAIN Samarinda menjadi IAIN Samarinda, maka sejak itu STAIN Samarinda resmi berubah menjadi IAIN Samarinda.
Perubahan dari STAIN menjadi IAIN diiringi pula dengan penambahan dan pengembangan jurusan menjadi Fakultas. Pada awalnya ketika masih berstatus STAIN, STAIN Samarinda hanya memiliki 3 (tiga) Jurusan yaitu Jurusan Tarbiyah, Jurusan Syari’ah dan Ekonomi Islam dan Jurusan Dakwah. Setelah alih status menjadi IAIN, IAIN Samarinda memiliki 4 (empat) Fakultas yaitu Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan (FTIK) yang merupakan kelanjutan dari Jurusan Tarbiyah sebelumnya, Fakultas Ushuluddin Adab dan Dakwah (FUAD) yang sebelumnya bernama Jurusan Dakwah, Fakultas Syari’ah yang sebelumnya adalah Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam, dan ditambah satu fakultas baru yang merupakan pecahan dari Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam sebelumnya setelah alih status menjadi IAIN berdiri tersendiri menjadi Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI).
Berdirianya Fakultas dan Ekonomi Bisnis Islam merupakan respon positif terhadap animo dan kebutuhan masyarakat Kalimantan Timur terhadap ilmu ekonomi dan bisnis Islam. Awalnya dirasakan cukup diakomodasi pada Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam, ternyata pada perkembangannya setelah melihat peminat yang cukup banyak dan berdiskusi dengan stake holders serta pemerhati ekonomi Islam di Kalimantan Timur, dirasa perlu untuk mendirikan Fakultas tersendiri yang fokus dalam pengembangan keilmuan Ekonomi Islam.
Analisis terhadap animo dan pangsa pasar ternyata terbukti dalam masa penerimaan mahasiswa baru Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam yang langsung diminati oleh calon mahasiswa baru. Pada tahun pertama pembukaan FEBI langsung menjadi favorit pilihan calon mahasiswa dan menempati salah satu urutan teratas prodi yang paling diminati di IAIN Samarinda.
Meskipun sebagai pendatang baru di lingkungan IAIN Samarinda, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam mampu menyedot angka peminat yang besar di IAIN Samarinda yang dibuktikan langsung menempati urutan kedua pada tahun pertamanya setelah Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan (FTIK) yang merupakan fakultas yang sejarahnya merupakan jurusan pertama di IAIN Samarinda.
Dari sisi pelayanan, FEBI berusaha menjadikan mahasiswa sebagai stakeholder utama, yang harus dilayani secara prima. Perwujudan pelayanan prima itu berupa pelayanan satu pintu (one stop service).
Pada tahun pertama pembukaan fakultas yakni tahun 2015 FEBI baru memiliki 2 Program Studi yaitu Ekonomi Syariah yang izin penyelenggaraannya telah keluar satu tahun lebih awal, yaitu berdasarkan Kepustusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 1489 Tahun 2014, dan Perbankan Syariah yang pendiriannya berdasar pada Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam, Nomor 551 Tahun 2015
Untuk angkatan pertama, FEBI membuka tiga kelas untuk masing-masing prodi baru. Dua prodi baru ini diselenggarakan untuk menjawab kebutuhan dan tantangan perbankan syariah, keuangan syariah dan ekonomi syariah di Indonesia. Dan dalam waktu dekat FEBI juga akan mendirikan prodi baru yaitu Program Studi Manajemen Keuangan Syariah yang saat ini masih digagas legalitas pendiriannya.